蛋白質結構也能預測?看人工智能如何“神機妙算”!
央廣網(wǎng)北京8月3日消息 據(jù)中央廣播電視總臺中國之聲《新聞超鏈接》報道,總部位于英國的人工智能公司“深層思維”日前宣布,該公司開發(fā)的人工智能程序“阿爾法折疊”已預測出約100萬個物種的超過2億種蛋白質的結構,涵蓋科學界已編錄的幾乎每一種蛋白質。
據(jù)介紹,這些信息將上傳至可公開訪問的“阿爾法折疊蛋白質結構數(shù)據(jù)庫”。這些數(shù)據(jù)已經(jīng)在瘧疾疫苗開發(fā)、對抗抗生素耐藥性與塑料污染等場景中得到應用,并且?guī)椭邪l(fā)人員加速新藥研發(fā)。
“阿爾法折疊”是如何進行預測的?蛋白質能被設計改造嗎?我國科學家在這一領域正在進行哪些科研攻關?
不是所有人工智能都能預測蛋白質結構!
人工智能可以完成很多事情——在圍棋對弈中戰(zhàn)勝柯潔的“阿爾法狗”,我們熟悉的智能算法、自動駕駛、機器寫作等都離不開人工智能技術的支持。
而這次引發(fā)關注的人工智能程序“阿爾法折疊”與“阿爾法狗”一樣,同屬于人工智能公司“深層思維”。
幾十年來,根據(jù)氨基酸序列確定蛋白質3D形狀一直是生物學領域的一大難題。北京航空航天大學教授、結構生物學家、中國生物物理學會科普工委秘書長葉盛介紹,基因與蛋白質之間好像存在著一種一一對應的關系,但是這個對應關系到底是什么?直到今天,科學界仍舊沒能在學術上找到公式去描述該折疊過程。
面對這樣的問題,人工智能可以發(fā)揮作用。葉盛表示,現(xiàn)在已經(jīng)獲得的蛋白質結構只有18萬個左右,但“阿爾法折疊”通過這18萬個結構的一一對應的關系去學習,最終在神經(jīng)網(wǎng)絡里學習到轉換的規(guī)律,能夠準確地預測三維結構。
人工智能技術由來已久,也有很多公司在做蛋白質結構預測,而“阿爾法折疊”率先成功的訣竅在于技術與算力積累。
葉盛解釋:“因為‘深度思維’的背后有谷歌提供的算力支持,所以它是用龐大的算力作為支撐,才能完成2億多蛋白質結構的預測計算工作?!?/p>
蛋白質能被設計改造?前路漫漫!
蛋白質的3D形狀或結構決定了它在細胞中的功能,如今“阿爾法折疊”已預測出超過2億種蛋白質結構,設計改造蛋白質來調整它的功能似乎逐漸“照進現(xiàn)實”。
葉盛介紹,蛋白質改造其實很早以前就有,上個世紀八九十年代,甚至更早,就已經(jīng)有人在做這方面的工作,但是早期工作主要集中在化工某步驟的生產(chǎn)環(huán)節(jié),因此被稱為蛋白質工程。
近年來,人工設計蛋白質成為新的方向,葉盛說:“我們在嘗試,不僅是用人工智能去預測已有蛋白質的結構,在它學習足夠多的蛋白質結構的規(guī)律后,還要看它有沒有可能自己設計出一種新的蛋白質?!?/p>
雖然目前人工設計蛋白質還處于發(fā)展階段,但它具備很多用途和廣闊前景。葉盛表示,如果能夠突破蛋白質設計的環(huán)節(jié),未來可能給藥物的市場帶來革命,能夠讓一些新的藥物去解決以前解決不了的疾病問題。
明年就能突破?中國蛋白質結構預測已經(jīng)走到這一步!
無論是在蛋白質結構預測領域,還是在人工智能領域,中國經(jīng)過多年發(fā)展都已積累許多科研基礎。
蛋白質藥物是葉盛教授團隊的重要研究方向,他介紹,蛋白質藥物已成為藥物市場上飛速發(fā)展的領域,它主要解決的問題往往是一些小分子藥物無法解決的一些重大疾病??贵w是分子量非常巨大的蛋白質分子,“我們在嘗試通過人工智能算法去設計出相對很小的蛋白質,但同時又能夠完成抗體藥物的功能”。
目前在蛋白質設計領域,國內與國外技術思路不完全一樣。葉盛介紹說,像中科大、中科院計算所等單位都投入力量到蛋白質設計的工作中。
葉盛也表示:“目前已有一些文章發(fā)表在比較有影響力的學術期刊上,我覺得再給一段時間,也許明年,我們可能就能夠在這個領域有一個井噴式的發(fā)展,涌現(xiàn)出各種各樣不同思路的蛋白質設計算法?!?/p>
監(jiān)制:郭靜
記者:鶴佳 劉飛
編輯:潘雨薇 楊冉
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